转让二手商铺土地增值税增值额该怎么算？

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1.我去修武税务窗口咨询，工作人员说土地增值税增值额=商铺评估价-原发票价。
但是税法上的规定是：土地增值税增值额=房地产转让收入-扣除项目金额。二手房扣除项目金额=房屋及建筑物评估价+地价和相关税费+与转让房地产有关的税金。   
2.还有就是工作人员说必须焦作这边必须要有评估价。我又懵了，税法上规定无评估价可按购房发票金额每年加计5%。
为什么有么大差别呢？

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尊敬的纳税人，你咨询的问题答复如下：
转让二手商铺属于转让旧房。
转让旧房及建筑物的扣除项目有3项：旧房及建筑物的评估价格、土地价款、与转让房地产有关的相关税费。
旧房及建筑物的评估价格按照重置成本价乘以成新度折扣率。其中，重置成本价指对旧房及建筑物，按转让时的建材价格及人工费用计算，建造同样面积、同样层次、同样结构、同样建设标准的新房及建筑物所需花费的成本费用。
纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权支付的金额和旧房及建筑物评估价格这两项规定的扣除项目金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。
综上，您转让的二手商铺若能取得评估价格时，应按评估价格确认扣除项目金额；若不能取得评估价格(并非能取得而不取得)时，可按购房发票所载金额每年加计5%。
政策依据：
《财政部 国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字（1995）48号）
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函（2010）220号）
《财政部 国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税（2006）21号）